Ocupa espacios adyacentes a la Catedral, como el Refectorio, la Cocina y la Cilleria de la antigua comunidad de canónigos.

La visita incluye también otras dependencias: el Claustro, la Capilla Barbazana y la recién restaurada Catedral, en estilo gótico de los siglos XIV a XVI (salvo la portada neoclásica de Ventura Rodriguez y la Sacristía rococó). En ella pueden admirarse el sepulcro de Carlos III el Noble y su esposa Doña Leonor, obra de estilo gótico de Jean de Lome, la imagen románica de Santa María la Real, el Crucificado romanista de Juan de Ancheta y varios retablos e imágenes de interés artístico.

En el Museo se exponen piezas de arte sacro de Navarra, destacando en el conjunto las imágenes marianas y la colección de orfebrería, con obras tan excepcionales como los relicarios góticos del Santo Sepulcro y del Lignum Crucis, de estilo gótico francés, que pertenecieron a la Corona de Navarra; el relicario de la Santa Espina (siglo XV); la custodia del Corpus y su templete, elaborados por orfebres pamploneses a fines del siglo XV, con una rica iconografía eucarística, y cruces parroquiales de gran valor, como la de Arazuri.

El conjunto lo completan diferentes muestras de pintura (el retablo de Peralta, de Van Dyck), retablística (el llamado de "las Navas", de estilo gótico alemán, hoy en restauración), talla y artes decorativas.