Alberga colecciones arqueológicas y artísticas relacionadas con el pasado y presente de la Comunidad Foral de Navarra. Entre las primeras destacan las series romana (mosaicos y epigrafías), árabe (la excepcional arqueta hispanoárabe de marfil procedente de Leire y ejecutada en el taller de Medina-Zahara, 1005) y románica (capiteles de la primitiva Catedral de Pamplona).

Es llamativo también el conjunto de pinturas murales góticas (Pintura del Refectorio de la Catedral de Pamplona, de Juan Oliver) y sobre tabla del mismo estilo, además de las grisallas renacentistas sobre la Guerra de Sajonia del emperador Carlos V, procedentes del Palacio de Oriz, y la serie de pinturas barrocas acerca del Génesis del flamenco Iacob Bouttats.

El conjunto se completa con tallas religiosas (San Jerónimo, de Ancheta), retablos (el renacentista procedente de Burlada, pintado por Juan del Bosque) y orfebrería (Cáliz gótico de Fernando de Sepúlveda, donado por Carlos III el Noble al Santuario de Ujué). Sobresalen los extraordinarios retratos del Marqués de San Adrián (pintado por Francisco de Goya) y Moratín (obra de Luis Paret).